A dor no estômago a meio da noite está associada a gastrite crónica, úlceras duodenais e obstrução pilórica. A gastrite crónica é principalmente causada por danos na barreira protectora da mucosa gástrica e pela violação da mucosa gástrica pelo ácido gástrico. Os pacientes são mais propensos a sentir dor a meio da noite devido à maior concentração de ácido estomacal. Os doentes com úlceras duodenais não só sofrem de dores de fome mas também de dores da meia-noite, principalmente devido à secreção excessiva de ácido gástrico a meio da noite, que entra no duodeno num estado de alta intensidade. Uma vez que a mucosa duodenal é acompanhada por uma úlcera, causa contracções espasmódicas do músculo liso duodenal e, portanto, causa dor. Em alguns casos, a cicatriz será localizada no piloro, o que pode levar à obstrução pilórica. Quando ocorre obstrução pilórica, os alimentos não esvaziam do estômago a tempo e estagnam no estômago. Durante a noite a comida no estômago fermenta mal, causando uma dilatação excessiva do revestimento do estômago e como resultado há uma vaga dor no estômago e algumas pessoas podem vomitar a comida que ingeriram durante o dia.