Os dois são causados por agentes patogénicos diferentes. Mycoplasma pneumoniae pneumoniae é causada por uma infecção com Mycoplasma pneumoniae, enquanto que o patogénico da Chlamydia pneumoniae é Chlamydia pneumoniae.
Os sintomas de Chlamydia pneumoniae são muito mais suaves, manifestando-se principalmente como febre e arrepios, tosse seca, dor de garganta e mal-estar, enquanto que a Chlamydia pneumoniae pode ter uma tosse paroxística persistente, tosse com expectoração e a criança pode ter sintomas mais graves e até mesmo com risco de vida.