Não há uma opinião unânime sobre a causa da língua rachada na comunidade académica. Pode estar relacionada com a idade, uma vez que o envelhecimento do corpo leva a uma diminuição da capacidade da língua de absorver nutrientes, resultando em perturbações metabólicas e fissuras.
Algumas doenças sistémicas estão frequentemente associadas à língua fendida, incluindo displasia congénita, síndrome de Down, deficiências nutricionais como deficiência de vitamina B2 (riboflavina), causas infecciosas como a infecção sifilítica da língua, e algumas doenças raras como a síndrome de Melkersson-Rosenthal (síndrome de May-Ro).
Está também associada a factores genéticos e são encontradas linhas familiares de alta incidência.
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