Os rapazes também podem desenvolver a síndrome de Rett. O principal gene causador, MECP2, está localizado no cromossoma X (Xq28), e a maioria das mutações provém do cromossoma X paterno, pelo que a maioria dos pacientes são raparigas. No entanto, há casos em que os rapazes são afectados. A possibilidade de síndrome de Rett é considerada quando os rapazes têm sintomas associados com a doença, tais como diminuição da inteligência, fala, função da mão e capacidades motoras.
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