As principais causas de fezes ensanguentadas em recém-nascidos são devidas a várias condições. Em primeiro lugar, é causada por enterite bacteriana. Podem ocorrer fezes sangrentas se a criança estiver infectada com bactérias invasivas como a E. coli. Neste caso, a criança deve receber tratamento anti-infeccioso imediato com cefalosporinas. A causa seguinte é hemorróidas. Se um recém-nascido tiver hemorróidas ou fissuras anais, pode também ter fezes ensanguentadas que são vermelho vivo e muito dolorosas. A segunda causa é intussuscepção. Se houver intussuscepção, podem ocorrer fezes com sangue, que é causado por necrose intestinal, e deve ser rapidamente diagnosticado por ultra-sons e TAC do abdómen.