Clinicamente, a maioria das dores de dentes são causadas por infecção bacteriana, seja devido a infecção bacteriana do corpo dentário como cárie, infecção apical ou infecção periodontal como pericoronite dentária do siso. A causa mais básica de toda a dor é a bactéria, e a amoxicilina, como antibiótico de primeira linha na prática clínica, tem um certo efeito inibidor e antibacteriano sobre as bactérias. É importante notar, contudo, que quando existe dor de dentes, a amoxicilina não é uma cura, podendo por vezes apenas inibir o crescimento de bactérias e retardar o início da dor, mas não trata a causa raiz. Por exemplo, para cáries e infecções apicais, é necessária uma pulpotomia para tratar a causa raiz da dor de dentes. No caso de peri-coronite, o dente do siso deve ser extraído quando a dor é menos severa.