A vaginite bacteriana, quando combinada com a gravidez, pode ter um impacto no feto e na mulher grávida, pois pode manifestar-se como um aumento do corrimento vaginal, cor amarelada, odor e prurido vulvar. No caso do feto, há um risco de infecção a montante e pré-eclâmpsia, ou o embrião pode parar de se desenvolver. O metronidazol pode ser usado vaginalmente neste momento, uma vez que é muito eficaz no tratamento da vaginite bacteriana. Além disso, o metronidazol é utilizado topicamente nas fases iniciais da gravidez e não tem qualquer efeito sobre o feto. Se a vaginite bacteriana for causada em qualquer outro momento da gravidez, o metronidazol pode ser aplicado topicamente. Após o terceiro mês de gravidez, também é seguro aplicar metronidazol oralmente.