As IU e a vaginite estão relacionadas porque a abertura da uretra e a abertura vaginal estão muito próximas uma da outra nas mulheres e se uma paciente tiver uma IU também pode facilmente levar a uma infecção ginecológica da vaginite devido a uma infecção cruzada. E se as pacientes com infecções ginecológicas de longa duração, tais como vaginite ou cervicite, não forem tratadas prontamente, isto também pode levar a infecções uterinas recorrentes e frequentes ou difíceis de curar. Se o ITU for considerado uma infecção anaeróbia ou fúngica, é mais provável que o ITU se deva a um cruzamento de infecções ginecológicas, tais como a vaginite Candida ou vaginite com infecções anaeróbias, ambas as quais podem causar o ITU correspondente. Por conseguinte, as mulheres devem também excluir quaisquer infecções ginecológicas durante o tratamento das IU, e se as tiverem, devem ser tratadas prontamente.