As causas de desbaste endometrial incluem factores sistémicos e locais, enquanto que os factores sistémicos são causados por desordens endócrinas, tais como baixos níveis de estrogénio.
Os factores locais estão relacionados com danos no endométrio, tais como abortos múltiplos. As malformações do útero também podem ser uma causa de desbaste endometrial.