O tratamento criogénico real das verrugas anais destina-se apenas a remover as verrugas através da baixa temperatura e não a remover completamente a potencial infeção viral das verrugas. Se ainda existir uma infeção viral após o tratamento criogénico, o contacto direto ou indireto pode continuar a causar a infeção. Para reduzir a propagação do vírus, recomenda-se que evite partilhar banheiras e relações sexuais (ou tomar medidas de segurança) durante o período de tratamento e que siga as instruções do médico para os exames de acompanhamento.