As causas do desbaste endometrial são factores sistémicos e locais, enquanto que os factores sistémicos são causados por desordens endócrinas, tais como baixos níveis de estrogénio.
Os factores locais estão relacionados com os danos endometriais, tais como os abortos múltiplos. A malformação do desenvolvimento uterino também pode ser uma causa de endométrio fino.