As verrugas perianais podem ser tratadas topicamente com 0,5% de tintura de toxina da pediculose, 50% de solução de ácido tricloroacético ou 5% de creme fluorouracil topicamente, ou pode dar creme de ácido retinóico com creme imiquimod topicamente. Todos estes fármacos são irritantes e deve ter-se o cuidado de proteger as membranas mucosas normais ao usá-los, e devem ser aplicados topicamente em pequenas quantidades, caso contrário podem causar grandes úlceras ou descamação epidérmica. É também importante evitar o contacto com a água e o coçar para não agravar a infecção, e para pequenas erupções cutâneas é melhor começar com o congelamento de nitrogénio líquido, tratamento a laser de dióxido de carbono ou iontoforese. Como a pele à volta do ânus é húmida, é fácil aderir à pele com medicamentos tópicos e podem também ser utilizados imunomoduladores como o interferão, o factor de transferência e a timidina.