A vagina é habitada por uma variedade de agentes patogénicos (incluindo bactérias) que formam uma microbiota vaginal normal. Embora uma variedade de bactérias esteja presente na vagina, elas não causam doenças devido ao equilíbrio ecológico entre a vagina e esta flora. Lactobacillus, estrogénio e pH vaginal desempenham um papel importante na manutenção do equilíbrio ecológico da vagina. O aparelho reprodutor de mulheres normais em idade fértil tem mecanismos de defesa naturais. A microecologia da vagina é dominada pelo Lactobacillus vaginalis. Sob a influência do estrogénio, o epitélio vaginal prolifera e é rico em glicogénio, que é decomposto em ácido láctico pela acção do Lactobacillus vaginalis, mantendo um pH vaginal de 4-5 e matando eficazmente bactérias patogénicas ou inibindo a sua reprodução. Quando o equilíbrio ecológico da vagina é perturbado ou quando agentes patogénicos exógenos invadem, pode ocorrer inflamação. Uma diminuição do estrogénio ou um aumento do pH vaginal, como relações sexuais frequentes ou irrigação vaginal, pode elevar a vagina, o que não é conducente ao crescimento de Lactobacillus. O uso prolongado de antibióticos para inibir o crescimento de Lactobacillus pode permitir que outras bactérias patogénicas se tornem dominantes e causem inflamação.